A Coleção Científica Petrográfica do Instituto Geológico, além de seus equipamentos específicos, guarda coleções didáticas e seções delgadas de rochas e lâminas de montagens de minerais pesados e de fragmentos minerais, adquiridas no século XIX. Também armazena o acervo de seções delgadas de rochas acumuladas nos vários projetos desenvolvidos pela Instituição, desde a criação da Comissão Geográfica e Geológica até os dias de hoje. Assim, a preservação desse material é fundamental para a memória da pesquisa geológica no Estado de São Paulo.