As atividades administrativas do Instituto Geológico são realizadas por Centros e Núcleos de apoio as atividades técnico-científicas, constituídos por: Conselho Técnico-Administrativo (CTA), Assistência Técnica (AT), Núcleo de Apoio Operacional e Administrativo, Centro de Atividades Tecnológicas e Laboratoriais (Núcleo de Infraestrutura de Informática), Centro de Comunicações Técnico-Científicas (Núcleo de Biblioteca e Mapoteca e Núcleo de Publicações e Divulgação em Geociências) e Centro Administrativo (Núcleo de Gestão de Pessoal, Núcleo de Finanças, Núcleo de Compras e Suprimentos, Núcleo de Infraestrutura, Núcleo de Comunicações Administrativas e Núcleo de Administração de Subfrota).